在加速发展过程中，也出现了一些问题。这主要是物价波动较大，通货膨胀加剧，重复建设严重，经济发展过热。1984年到1988年国民收入只增长70%，而全社会固定资产投资增长214%，城乡居民货币收入增长200%，投资和消费的增长与国民收入增长的比例严重失调。1988年夏季，在经济秩序特别是流通秩序的混乱状况没有得到扭转的情况下，中央宣布放开大部分商品价格，实行价格改革“闯关”。但这一决策未能充分考虑国家、企业和群众的承受能力，结果诱发全国性抢购风潮，影响了社会的安定。为扭转严峻的经济形势，1988年9月，党的十三届三中全会决定，用一段时间治理经济环境、整顿经济秩序，扭转物价上涨幅度过大的态势，创造理顺价格的条件，更好地推进改革和建设。根据这一决定，国务院相继采取一系列治理整顿的措施，压缩投资和消费需求，加强对物价的调控和管理，整顿经济生活特别是流通领域中的各种混乱现象。经过一年左右的治理整顿，取得初步效果，一度过旺的社会需求开始得到控制，过高的工业生产速度有所回落。

正当治理整顿工作需要进一步推进，以解决一些深层次问题时，改革开放和经济建设的进程却受到严重干扰。

长期以来，一些西方国家的政治势力有计划地通过种种渠道对社会主义国家进行思想、政治渗透，竭力支持和扶植各种反共反社会主义活动。八十年代末，东欧一些社会主义国家开始出现动荡。西方敌对势力加紧推行和平演变战略，通过多种渠道对中国施加影响，使国内搞资产阶级自由化的人受到鼓舞。由于在一段时间里，党内少数领导同志在推进改革开放，大力发展经济的同时，对坚持四项基本原则缺乏一贯性，忽视党的自身建设和社会主义精神文明建设，思想政治工作受到削弱，少数干部中滋生了相当严重的腐败现象，损害了党在群众中的威信和社会主义在人们心目中的形象。致使一度收敛的资产阶级自由化思潮再度泛滥。1989年春夏，极少数反共反社会主义分子利用党在工作中的失误和人民群众对物价上涨，特别是对一些干部中腐败现象的不满情绪，进行煽动反对共产党的领导、反对社会主义制度的活动。他们借群众悼念胡耀邦逝世这件事，大肆散布谣言，掀起一场有计划、有组织、有预谋的政治动乱，并在北京地区煽动一些不明真相的人占据天安门广场，冲击党政首脑要害部门，制造反革命暴乱。在关系党和国家生死存亡的关键时刻，党中央总书记赵紫阳犯了支持动乱和分裂党的严重错误。中央政治局在邓小平和其他老一辈革命家坚决有力的支持下，依靠人民，旗帜鲜明地反对动乱，并采取果断措施，在6月4日一举平息反革命暴乱，捍卫了社会主义国家政权，维护了人民的根本利益。

6月9日，邓小平接见首都戒严部队军以上干部，并发表讲话指出:这场风波迟早要来。这是国际大气候和中国自己的小气候决定了的。他要求全党，很冷静地考虑一下过去，也考虑一下未来，对的要继续坚持，错误的要纠正，不足的要加点劲。他以斩钉截铁的语言阐明了当时必须作出明确回答的重大问题:党的十一届三中全会制定的路线、方针、政策，包括我们发展战略的“三部曲”没有错;党的十三大概括的“一个中心、两个基本点”的路线没有错。如果说有错误的话，就是坚持四项基本原则还不够一贯，没有把它作为基本思想来教育人民、教育学生、教育全体干部和共产党员。我们原来制定的基本路线、方针、政策，照样干下去，坚定不移地干下去。

1989年6月23日至24日，党召开十三届四中全会。鉴于赵紫阳在制止动乱的关键时刻所犯的严重错误，以及他主持中央工作以来，由于消极对待坚持四项基本原则给党的事业造成的严重损失，全会决定撤销他所担任的党内一切领导职务，并对中央领导机构部分成员进行调整。全会选举江泽民为中央委员会总书记;增选江泽民、宋平、李瑞环为中央政治局常委，政治局常委会由江泽民、李鹏、乔石、姚依林、宋平、李瑞环组成。江泽民在会上表示:这次中央领导核心虽然作了一些人事调整，但是，党的十一届三中全会以来的路线和基本政策没有变，必须继续贯彻执行。在这个最基本的问题上，我要十分明确地讲两句话:一句是坚定不移，毫不动摇;一句是全面执行，一以贯之。通过这次全会，党中央明确宣告，党的基本路线和十三大的决策，绝不会因为发生这场政治风波而动摇，从而使党在惊涛骇浪中坚持了建设有中国特色社会主义的正确航向。

在十三届四中全会召开之前和全会以后，邓小平多次郑重提出:现在要真正建立一个新的第三代领导。第三代的领导集体必须有一个核心，要有意识地维护这个核心，就是江泽民同志。他强调:中国的问题关键在于共产党要有一个好的政治局，特别是好的政治局常委会。只要这个环节不发生问题，中国就稳如泰山。他一再表示:新的领导班子一经建立有秩序的工作，我就不再过问。一个国家的命运建立在一两个人的声望上面，是很不健康的，是很危险的。新的领导要一切负起责任，放手工作。“这就是我的政治交代”。